Fondens daglige arbejde varetages af et sekretariat med to fuldtidsansatte samt et eksternt bogholderi. Opgaverne spænder over rådgivning, behandling af bevaringserklæringer og lånesager, formidling og drift. Sekretariatet referer til en bestyrelse med op til 10 medlemmer udpeget af de stiftende institutioner. Fondens rammer for tildeling af lån er underlagt kriterier fastlagt af Kulturstyrelsen.
Ansøgninger til årets lånepulje modtages af sekretariatet, der udformer en indstilling til bestyrelsen, som forestår lånetildelingen. Alle udlånsprojekter følges løbende op af sekretariatet, det være sig ved fortsatte restaureringsprojekter, vedligehold af låneaftaler og pantregistrering eller ved rådgivning og eftersyn af skibene.
